La navigation est régie par deux arrêtés de police de navigation sur toute la vallée, appelé RPPN - Règlement particulier de police navigation.

Un arrêté préfectoral existe sur chacun des deux départements : côté Landes pour la Grande Leyre, et côté Gironde pour L'Eyre, son delta et ses affluents, avec une carte annexée.

Le RPPN Gironde définit précisément la limite de Domaine Publique Fluvial en eaux intérieures, à la limite transversale de la mer, en sortie des communes de Le Teich et Biganos. Au-delà, il s'agit du Domaine Publique Maritime (DPM).

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Sont prohibées par arrêtés toute l'année (Art. III) :

• les navigations pour tous les supports nautiques après le coucher du soleil et avant le lever du soleil sur l'ensemble du fleuve et son delta ; 
• les activités nautiques à moteur tels les scooters de mer, les jets-ski, les surfs électriques, sur l'ensemble du fleuve et l'ensemble de son delta (commune de Biganos et Le Teich) ; 
• les activités nautiques à moteur tels les bateaux de plaisance et de transports de passagers, en amont des ports de Biganos et de Le Teich;
• la circulation des embarcations habitables, y compris lorsqu'elle ne sont pas motorisées ;
• la pratique du camping-nautique sur l'ensemble du DPF ;
• le camping sauvage en berge, interdit par la réglementation du Site Inscrit des vallées de La Leyre sur l'ensemble du cours d'eau ;
• les feux sont également prohibés sur toute la surface du site inscrit de la Vallée de la Leyre et donc sur ses rives ;
• les mises à l'eau et sorties d'eau d'embarcation en dehors des points mentionnés dans les 2 RPPN

Sont réglementées :

• les activités nautiques à moteur tels les bateaux de plaisance et de transports de passagers, en aval des ports de Biganos et de Le Teich, et jusqu'à la limite DPF/DPM avec une vitesse de 10km/h et le respect des règles de navigation (balisage);
• les lieux de mises à l'eau et sorties d'eau d'embarcation sont des points mentionnés dans les 2 RPPN (Art. IV) ;
• la baignade, lorsqu'elle n'est pas spécifiquement réglementée ou interdite par arrêté municipal, s'exerce aux risques et périls des baigneurs (Art. III);
• les manifestations nautiques, fêtes nautiques et autres concentrations de bateaux, nécessitent une demande d'autorisation à la DDTM 33 (Art. VI).

Précisions : 

Tous les propriétaires de bateaux ou véhicules nautiques autorisés et en circulation doivent souscrire une assurance en responsabilité civile (Art.VIII).

Les véhicules à moteur (motos, quads, 4x4...) sont prohibés sur les berges du fleuve, tout comme les traversées de cours d'eau en dehors des guets prévus à cet effet (il n'en n'existe aucun sur l'ensemble de la Leyre) / Loi 3 janv 1991.